慢性疾病证在什么部门办理建议去当地社保或者医院问下，各地也会有差异。一般情况下走以下程序：
1、须先到本人所选定的一家二级以上定点医疗机构提出书面申请，填写《门诊严重慢性病申请审批表》，并提供医院疾病诊断证明书，本人近期有关病史的小结性资料包括习惯用药及用量或复印件，有关临床化验单和辅助检查单等申请材料；
2、定点医疗机构负责将申请材料送交市医疗保险经办机构进行审核。市医疗保险经办机构组织门诊严重慢性病鉴定专家对申请材料进行评审认定；
3、经评审认定后，由市医疗保险经办机构发给《门诊严重慢性病治疗卡》给申请人。申办《门诊严重慢性病治疗卡》原则上只能申请3个含3个以下病种，申请超过3个以上病种的，须经医疗保险经办机构的行政主管部门审批。
【法律依据】
《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》
第三十五条 基层医疗卫生机构主要提供预防、保健、健康教育、疾病管理，为居民建立健康档案，常见病、多发病的诊疗以及部分疾病的康复、护理，接收医院转诊患者，向医院转诊超出自身服务能力的患者等基本医疗卫生服务。
医院主要提供疾病诊治，特别是急危重症和疑难病症的诊疗，突发事件医疗处置和救援以及健康教育等医疗卫生服务，并开展医学教育、医疗卫生人员培训、医学科学研究和对基层医疗卫生机构的业务指导等工作。
专业公共卫生机构主要提供传染病、慢性非传染性疾病、职业病、地方病等疾病预防控制和健康教育、妇幼保健、精神卫生、院前急救、采供血、食品安全风险监测评估、出生缺陷防治等公共卫生服务。
